Le Bureau de la FNUJA est composé de huit membres, élus pour un an, qui se réunissent régulièrement. Il applique les décisions prises par le Congrès et le Comité national de la FNUJA. C'est l'organe exécutif de la Fédération.
Après l'élection lors du Congrès de Nîmes, le 19 mai 2007, de ses nouveaux Président, Lionel ESCOFFIER et 1er Vice-président, Olivier BURETH, les six autres membres du Bureau de la FNUJA pour l'exercice 2007-2008 ont été élus lors du 1er Comité national suivant le Congrès, le 9 juin 2007.